Malgré l’éradication de la variole dont l’être humain était le seul réservoir, il n’est pas certain que l’on puisse éradiquer d’autres espèces pathogènes. Que faire, dès lors, contre les menaces microbiennes : maladies infectieuses, utilisation criminelle de virus ou de bactéries, augmentation des résistances aux médicaments ?

La notion de "guerre aux microbes" où à chaque maladie correspond un microbe : "on tue le microbe, on sauve le malade", est aujourd’hui un peu dépassée. Les microbes qui peuplent l’organisme sont nécessaires à notre survie mais peuvent aussi  nous attaquer et nous  rendre malades.

Entre "nous" - l’humanité - et "eux" - les microbes -, il convient donc d’envisager une certaine forme de cohabitation, tournant parfois à la confrontation lorsque certains équilibres sont rompus. La biodiversité nous protège. La "guerre aux microbes" doit laisser place à une conception plus écologique de l’interdépendance entre l’être humain et la population bariolée des microbes qui l’habitent. Seule une fraction de ces microbes est pathogène et parfois même temporairement.