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Fold It, le jeu au secours des scientifiques

En trois semaines, des joueurs en ligne ont trouvé la structure tridimensionnelle d’une protéine du virus du sida chez le singe. Une énigme non résolue par les scientifiques depuis dix ans.

David Baker, l'un des concepteurs de Fold It La grande majorité des joueurs de Fold It n'ont aucune formation en biologie. David Baker affirme que son fils est bien plus rapide que lui pour « plier » des protéines. © Nature

Deux départements de l’université de Washington (Seattle, États-Unis), un département de biologie et un département d’informatique, ont uni leurs forces en 2008 pour créer un jeu en ligne, Fold It dont le principe est d’inviter les internautes à résoudre un problème complexe : celui du repliement des protéines. Car, s’il est facile d’identifier et de lister les acides aminés qui composent une protéine, connaître sa structure en 3D est un vrai casse-tête. La recherche dans ce domaine nécessite des ressources de calculs conséquentes et les inventeurs de Fold It, s’inspirant du programme Seti@home, ont au départ sollicité les internautes pour disposer des capacités de calcul de leurs ordinateurs. Mais ce n’est pas tout. Ils ont ensuite proposé aux internautes de résoudre quelques-unes des énigmes posées par le repliement de certaines protéines. Des énigmes dont ils connaissaient la solution. L’idée était de s’inspirer de la manière dont les internautes pouvaient résoudre ces problèmes afin de développer des algorithmes simples et efficaces, capables d’économiser du temps de calcul.

S'attaquer à des énigmes non résolues

La structure 3D finale En jaune, la solution proposée par les joueurs. En bleu la forme définitive de la protéine après quelques ajustements. © Nature

L’expérience a été concluante et le jeu Fold It, en 2010, a franchi une nouvelle étape en proposant aux internautes de s’attaquer à des énigmes non résolues par les scientifiques. Neuf cas ont ainsi été proposés. Le neuvième, qui porte sur une protéine impliquée dans la maturation et la propagation du virus du sida chez le singe, vient de faire l’objet d’une publication le 18 septembre dans la revue Nature Structural & Molecular Biology. Car en trois semaines, les joueurs ont résolu cette énigme qui tenait en échec la communauté scientifique depuis une dizaine d’années. L’équipe de l’université de Washington dispose désormais d’une protéine 3D dont l’architecture ouvre la voie à la mise au point de nouveaux médicaments antirétroviraux.

L’un des créateurs du jeu, Zoran Popovic, déclarait en 2008 : « Nous espérons changer la manière dont la science est faite et par qui elle est faite. Notre but ultime est de faire jouer des personnes ordinaires et en faire, au final, des candidats pour le prix Nobel. » C’était en 2008. En 2010 le but n’est pas atteint mais presque…

"Welcome to Fold It", une des nombreuses démos du jeu postées sur You Tube.

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