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Un « arbre de la vie » interactif

Pour visualiser les liens de parenté entre les millions d’espèces connues dans le monde – ce qu’on appelle « l’arbre de la vie » – un chercheur du CNRS a mis au point une carte interactive.

Les trois grandes branches de l'arbre de vie : les archées, les bactéries et les eucaryotes (organismes se caractérisant par la présence d'un noyau). © Damien de Vienne/CNRS

À la manière d’un arbre généalogique, l’histoire de l’évolution peut être représentée sous la forme d’un « arbre de la vie » (tree of life en anglais), chaque feuille représentant une espèce et chaque nœud un ancêtre. Afin d’en montrer l’ensemble des niveaux hiérarchiques et relations entre espèces, Damien de Vienne, chercheur au Laboratoire de biométrie et biologie évolutive à l’université Claude Bernard Lyon-1, a réalisé un outil interactif permettant de parcourir tout l’arbre de la vie. « Ma femme est cartographe et je suis donc intéressé par cette manière de représenter les choses, explique-t-il. Or il manquait aux chercheurs un outil équivalent à Google Maps pour la cartographie traditionnelle, permettant de visualiser les ramifications d’un arbre ». Un outil très utile à ce chercheur qui se consacre notamment à la génomique comparative : « Je me demande parfois s’il existe des espèces proches de celles dont je détiens le génomes. Lifemap permet de se promener dans l'arbre de la vie et de retrouver facilement les liens de parenté ». Il a présenté son travail dans un article paru le 22 décembre 2016 dans la revue PLoS Biology

Les données sur les millions d’espèces qui composent « l'arbre de la vie » sont disponibles sur deux sites : d’une part, la base de données de taxonomie du NCBI, le Centre américain pour l’information biotechnologique ; d’autre part, le site du consortium Open Tree of Life. Elles ont permis de réaliser les trois versions accessibles en ligne, chacune présentant un nombre différent d’espèces : 800 000 pour le grand public, avec un arbre un peu simplifié ; 2,2 millions pour la version tirée du site Open Tree of Life et 1,4 million d’espèces pour la version NCBI. La première version contient aussi des éléments pédagogiques (photos, textes) à chaque « nœud » de l'arbre. 

Dans la version grand public, on trouve des informations complémentaires en cliquant sur les « nœuds » de l’arbre.© Damien de Vienne/CNRS

Outre l'intérêt immédiat pour les chercheurs et les internautes curieux, cet arbre fait appel à un programme informatique en open source, susceptible d’être repris pour visualiser d’autres informations comme la généalogie des rois de France.

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