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Microbiote, une révolution médicale

Un dossier de science actualités

Le dossier

Un véritable écosystème

Grâce à la métagénomique, on a désormais accès à l’ADN des micro-organismes présents dans notre microbiote. Avec, à la clé, des millions de gènes découverts !

Si l’on parvient à cultiver certaines espèces de bactéries à partir de nos selles, la plupart nous échappent car elles ne sont pas cultivables au laboratoire. De fait, notre microbiote était encore une « terra incognita » il y a dix ans. Heureusement, une nouvelle technique a vu le jour : la métagénomique. Son principe ? Séquencer directement l’ADN des micro-organismes présents dans notre microbiote à partir de différents échantillons du corps (bouche, peau, gorge, intestins, selles…). Résultat : plus de 10 millions de gènes bactériens ont été découverts dans les selles de plusieurs milliers d’individus !

Ce séquençage massif a été rendu possible grâce à l’avènement de séquenceurs haut débit à la puissance incomparable. Des modèles mathématiques ont ensuite permis aux chercheurs de « reconstruire », à partir des gènes, les génomes de ces bactéries inconnues. Un nouveau mot a fait son apparition : microbiome, qui désigne l’ensemble des génomes microbiens présents dans le microbiote.

Pour la flore intestinale, 700 génomes bactériens sont désormais connus. Chacun d’entre nous abrite environ 500 espèces de bactéries dans son intestin. Un tiers d’entre elles sont partagées par un grand nombre de personnes, mais deux tiers sont plus rares, voire spécifiques à chaque individu. De plus en plus, les chercheurs comparent ce microbiote à un écosystème : comme dans la nature, plus le nombre d’espèces est important, mieux l’écosystème fonctionne et résiste aux agressions extérieures. Ainsi, les personnes malades présentent bien souvent une diversité microbienne appauvrie.


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