Si les raisons de ce déclin sont nombreuses, elles ont toutes un point commun : l'homme. La destruction des habitats représente de loin le plus grave problème. Selon l' ONG Birdlife international,86% des oiseaux menacés le seraient à cause de la dégradation ou de la perte de leur habitat.

L'intensification de l'agriculture, la déforestation ou encore l'urbanisation sont autant d'éléments entraînant une diminution de l'espace de vie des oiseaux et une réduction des lieux de nidification. La chasse représente la deuxième cause de mortalité des oiseaux. En troisième position viennent les espèces invasives qui participent grandement à la disparition des espèces.

La pollution apparaît aussi comme un problème grandissant. Qu'elle provienne de l'eau, de l'air ou des sols, elle entraîne nombre de pathologies : dysfonctionnement de l'appareil reproducteur, déformations, coquilles trop fines…

Autre pollution : celle des herbicides et insecticides. En diminuant le nombre de graines et d'insectes, certains pesticides vident le réservoir de nourriture des oiseaux spécifiques des espaces agricoles. Enfin, quelques études suggèrent également un lien entre le déclin des oiseaux et le réchauffement climatique, particulièrement pour les espèces nordiques.

La diminution du nombre d’espèces d’oiseaux n’est que la partie visible de l’iceberg. Selon un recensement sur plus de 9000 espèces d’avifaune, les conséquences de la diminution du nombre d’oiseaux sur le reste des écosystèmes apparaissent particulièrement préoccupantes.

Ainsi, les processus de pollinisation et la dispersion des graines de fruits sont parfois le fait de quelques espèces d’oiseaux seulement. Leur disparition entraînerait donc de lourdes conséquences quant à la survie de ces plantes.

D’autre part, de nombreux oiseaux servent de lutte anti-parasitaire naturelle. C’est le cas des oiseaux insectivores, qui débarrassent les plantes des insectes nuisibles ou des chenilles ravageuses. Mais c’est également le cas de certains rapaces (faucons, chouettes) qui prélèvent des proies plus grosses mais non moins dévastatrices : les petits rongeurs.

Un autre problème concerne spécifiquement les oiseaux charognards. En s’attaquant aux carcasses relativement tôt, ils permettent de limiter le temps de décomposition, d’éviter la prolifération d’autres espèces charognards et par-là, la dispersion de certaines maladies. Ils jouent donc un rôle d’équarrisseur important pour la santé humaine.

Pour preuve, en Asie du sud, la quasi-disparition des vautours a entraîné une explosion du nombre de rats et chiens sauvages, ce qui a favorisé les transmissions de maladies comme la rage ou la peste parmi la population humaine.

Parmi les axes de recherches pour tenter de limiter le déclin de la population d'oiseaux, la modélisation paraît le plus porteur. L'objectif est de mieux connaître les inter-relations entre les populations d'animaux sauvages comme les oiseaux et les modifications de l'espace dans lequel elles vivent. Cet outil informatique permet de proposer une meilleure gestion de l'espace, notamment agricole.