Depuis l’identification du génome du SARS-CoV-2, en un temps record, dès le mois de janvier 2020, plusieurs tests ont été mis au point. Pour détecter la présence du virus dans un prélèvement, deux méthodes sont mises en œuvre : la RT-PCR (réaction en chaîne par polymérase associée à une transcription inverse) et le test antigénique.

La première permet de détecter des quantités extrêmement faibles de virus mais nécessite d’acheminer le prélèvement depuis le laboratoire vers un plateau technique. Après y avoir inactivé le virus en le chauffant, son matériel génétique, l’ARN, est extrait puis mis au contact d’enzymes qui en font un très grand nombre de copies. C’est pourquoi de très faibles quantités du matériel génétique du virus peuvent être ainsi détectées. Pendant cette phase de réplication, si le virus était présent dans le prélèvement, on observe la fluorescence émise par l’échantillon qui augmente régulièrement avec le nombre de copies. Cette méthode est coûteuse en temps, en matériel et en personnel.

Plus rapide (de 10 à 30 minutes) mais moins sensible, le test antigénique révèle la présence de la protéine S, située sur l’enveloppe du virus, ou de la protéine N, située à l’intérieur. Ces protéines sont également appelées « antigènes ». Le prélèvement est mélangé à des anticorps qui ne se combinent qu’avec la protéine ciblée, si elle est présente, et provoquent alors l’apparition d’une bande colorée. Mais la présence du virus n’est révélée ainsi que s’il est présent en grande quantité dans le prélèvement. C’est pourquoi la Haute Autorité de santé recommande de réaliser ces tests le plus tôt possible et dans un délai maximum de 7 jours après un contact ou après l’apparition de symptômes. Au-delà, la quantité de virus présente chez les patients risque d’être trop faible. Le prélèvement est à réaliser dans le nasopharynx car il contient plus de virus que la bouche ou la gorge (voir question B-bis).

La période où l’on est le plus contagieux s’étend de 48 heures avant le début des symptômes jusqu’à 7 jours après. La rapidité des tests antigéniques est donc un atout majeur pour limiter la transmission. En outre, ils permettent de repérer les sujets qui ont une concentration élevée de virus et sont donc potentiellement les plus contagieux.

Pour déterminer si une personne est porteuse du SARS-CoV-2, on prélève des sécrétions provenant des voies respiratoires, car c’est là que le virus se loge et se multiplie. Mais il n’est pas présent partout de façon équivalente. On le trouve en abondance dans le pharynx (voir figure).

La fiabilité du test est donc la meilleure quand le prélèvement est effectué en introduisant un écouvillon (grand coton-tige) par la narine, le long du plancher nasal jusqu’à la muqueuse du nasopharynx. L’écouvillon est ensuite placé dans un tube contenant un milieu liquide de conservation et sa tige est cassée de façon à fermer le tube. L’acte de prélèvement est désagréable sans être réellement douloureux, mais il peut être difficile à réaliser ou très mal vécu chez certains patients (enfants, personnes présentant des troubles psychiatriques, personnes très âgées). Dans ce cas il est possible d’atteindre le pharynx par la gorge (voie oropharyngée), ce qui est moins désagréable mais peut provoquer un réflexe nauséeux.  

On peut également réaliser un prélèvement de salive, par simple crachat du patient ou à l’aide d’une pipette introduite dans la bouche, ce qui est beaucoup plus simple et moins désagréable. Cependant la concentration de virus est beaucoup plus faible dans la bouche que dans le pharynx. Un résultat négatif ne garantit donc pas une absence de virus, ce mode de prélèvement étant moins sensible que les autres. Les tests salivaires doivent être ensuite analysés par la méthode RT-PCR (voir question B), la plus efficace.

Les virus présents sur une surface, comme une table, une poignée ou nos mains, conservent-ils la capacité d’infecter des cellules ? Pour limiter l’épidémie, cette question est un enjeu clé. Ainsi, des études comparent la stabilité du SARS-CoV-2 dans différents environnements. De premières données suggèrent qu’il faut attendre deux à quatre jours pour que tous les virus présents perdent totalement leur activité. Cela dépend des conditions de température, d’humidité et des matériaux. En conditions très contrôlées en laboratoire, on mesure le temps nécessaire pour que la moitié des virus se désagrègent, diminuant ainsi leur capacité à infecter un hôte. Cette durée est de trois heures environ sur du carton contre presque sept heures sur du plastique. 

Ainsi, être en dehors d’un hôte rend le virus vulnérable. Et les virus possédant une enveloppe, comme c’est le cas du SARS-CoV-2, le sont encore plus. Cette enveloppe est constituée principalement de lipides et ressemble beaucoup à la membrane plasmique des cellules, et ce pour une raison simple : l’enveloppe du virus se forme à partir de la membrane cellulaire. En effet, le virus acquiert cette enveloppe en bourgeonnant à partir d’une cellule au moment d’en sortir et il la perd en fusionnant avec une autre cellule au moment d’y entrer. Si cette enveloppe lui est donc indispensable pour infecter une cellule et participe ainsi de sa virulence, elle est aussi sa faiblesse quand il est hors de l’hôte. Aussi fragile qu’une membrane cellulaire, l’enveloppe va souffrir de la température, de la sécheresse et… du savon. Anodin à nos yeux, le savon est une arme d’autant plus intéressante que les mains sont une voie de transmission importante des virus respiratoires.

En effet, le savon contient des molécules, appelées tensioactifs. Les études ont montré que les tensioactifs de type anionique, généralement présents dans nos savons en pain ou liquides, inactivent les virus. Deux mécanismes sont suggérés. Les tensioactifs peuvent s’attacher à la membrane des virus enveloppés et la désagréger. Ils peuvent également se lier aux protéines présentes à la surface du virus et lui faire ainsi perdre tout son pouvoir infectieux. Laver les mains n’agit donc pas seulement pour éloigner le virus mais également pour l’inactiver. Quant à l’alcool, son efficacité a été démontrée sur les virus de type coronavirus mais les mécanismes d’action en jeu ne sont pas précisément décrits. Son efficacité est cependant diminuée sur des mains salies par des matières grasses, alors que le savon reste efficace.

Très tôt, on a soupçonné que l’épidémie de Covid-19 était plus étendue que ce que montrait la détection des signes cliniques confirmés par un dépistage du SARS-CoV-2. Il existe effectivement une part silencieuse de l’épidémie : les infections asymptomatiques (pas de symptômes) et paucisymptomatiques (peu de symptômes). Cela semble être le cas pour la plupart des enfants.

L’une des raisons de cet état de fait est qu’il se joue, au sein de chaque hôte, une véritable course de vitesse entre le virus et la réponse immunitaire. Le résultat de cette course influence fortement l’issue de l’infection et l’intensité des symptômes associés. Dès les premières heures, lorsque le virus est entré dans les cellules de l’arbre respiratoire et a commencé de s’y répliquer, une réponse antivirale est enclenchée. Une cellule infectée est, par exemple, capable de détecter seule la présence d’un génome viral dans son cytoplasme. Elle se met alors à produire diverses molécules comme les interférons de type 1, dont un des rôles est de bloquer en partie le mécanisme de traduction à l’œuvre dans la cellule, la mettant ainsi presque à l’arrêt. La cellule limite alors sa propre capacité à fabriquer des protéines indispensables à son bon fonctionnement, mais empêche surtout la réplication du virus, qui dépend aussi de ce processus. La cellule n’est plus au service du virus et, en sécrétant l’interféron, transmet même le message d’alerte aux cellules avoisinantes, qui reproduisent à leur tour ce mécanisme de blocage. Si la réponse est suffisamment vigoureuse, et l’on pense que c’est par exemple le cas chez les enfants, la réplication virale peut être arrêtée avant l’apparition d’effet massif dû au virus. Pendant quelques heures à quelques jours, une personne peut ainsi être infectée mais ne présenter aucun ou peu de symptômes. Indépendamment de la gravité des symptômes, s’il y en a, les personnes infectées sont potentiellement contagieuses.

Malheureusement, et c’est probablement le cas du SARS-CoV-2, les coronavirus possèdent des armes qui ralentissent fortement la réponse antivirale et, notamment, l’action bénéfique de l’interféron au stade précoce de l’infection. Une des voies de recherche consiste aujourd’hui à comprendre comment le virus réduit l’action de l’interféron afin d’y remédier. 

Les anticorps sont, à n’en pas douter, un mode d’action clé de notre système immunitaire pour faire face aux multiples intrusions microbiennes. Pour autant, ces protéines ne sont pas nos seules forces de défense. Parmi les autres dispositifs à l’œuvre, la réponse dite cytotoxique est particulièrement importante pour lutter contre des virus et peut constituer un type de mémoire immunitaire efficace pour protéger l’organisme à plus long terme, même lorsqu’il y a très peu d’anticorps.

L’étymologie du mot le laisse entendre (« cyto » signifie cellule), la réponse cytotoxique est nocive pour certaines cellules, notamment celles qui sont infectées. Elle fait intervenir un type de globules blancs, appartenant à la famille des lymphocytes T, capables de reconnaître des cellules atypiques, comme les cellules infectées, et de provoquer leur destruction. C’est au cours d’un contact rapproché, parfois appelé « baiser de la mort », que ces lymphocytes déversent sur leur cible des granules remplis  de molécules toxiques. Ce sont, par exemple, les perforines, qui percent la membrane de la cellule infectée, entraînant sa destruction par un processus de dissolution chimique appelé lyse. D’autres molécules déclenchent un programme d’autodestruction de la cellule appelé apoptose. Ce mode d’action intervient en particulier lorsqu’un virus a déjà envahi une cellule pour s’y multiplier et qu’il se trouve alors insensible à l’action des anticorps.

Notre système immunitaire déploie donc une combinaison de dispositifs complémentaires, adaptée à la nature de chaque agent pathogène, leur nombre et leur virulence. Comme pour la production d’anticorps, la réponse cytotoxique nécessite quelques jours avant d’être opérationnelle la première fois. Elle peut constituer ensuite un groupe de cellules prêtes à agir plus vite et plus efficacement en cas de réinfection par le même agent pathogène, et ce même lorsqu’il y a très peu d’anticorps. La mise en place d’une telle mémoire immunitaire est l’un des objectifs recherchés lorsque l’on met au point un vaccin contre un virus. Moins évident à détecter expérimentalement que la présence d’anticorps, le développement d’une bonne réponse cytotoxique est un enjeu manifeste face au virus SARS-CoV-2 sur lequel travaillent nombre de chercheurs.

Concevoir un nouveau médicament est un processus très long. Face à l’urgence sanitaire liée à la Covid-19, les chercheurs du monde entier se sont tournés vers des médicaments antiviraux déjà utilisés contre d’autres pathologies. On parle de repositionnement. Mais pour l’heure, les résultats sont décevants.

Seul un antiviral utilisé contre le VIH réduit de quelques jours le temps passé à l’hôpital par les patients atteints de la Covid-19 : le remdesivir. En revanche, il ne démontre pas d’effet sur la mortalité. Ce médicament agit sur une protéine virale dont le rôle est de copier le matériel génétique du virus, nucléotide après nucléotide. Le remdesivir est un analogue de l’un de ces nucléotides, qui, une fois incorporé dans la chaîne fraîchement constituée, la bloque. La réplication du virus devrait être ainsi empêchée… mais dans le cas du SARS-CoV-2, elle est seulement réduite. Cette efficacité décevante est sans doute due à une particularité des coronavirus : ils possèdent une protéine capable de détecter et retirer les erreurs introduites dans la copie en cours de production.

Puisque les médicaments déjà connus manquent d’efficacité contre la Covid-19, il faut en concevoir de nouveaux. La méthode consiste à bien connaître les cibles susceptibles de bloquer le développement du virus (voir question Q). C’est ainsi que les chercheurs ont déterminé la structure tridimensionnelle de plusieurs protéines virales, soit la façon dont les atomes sont liés les uns aux autres dans l’espace et forment ces énormes molécules. Ils modélisent ensuite in silico, c’est-à-dire informatiquement, la fixation entre des molécules candidates et une de ces protéines virales pour choisir celles qui pourraient inhiber le mieux son activité. Ce préliminaire numérique pourrait permettre de gagner du temps dans la sélection de molécules à synthétiser et à tester ensuite in vitro et in vivo.

Vaccin vivant atténué

C’est l’un des plus anciens procédés. Il consiste à inoculer le microbe entier privé de son caractère pathogène. Il contient évidemment la protéine S et stimule donc le système immunitaire. Ces vaccins vivants atténués sont déconseillés aux personnes dont le système immunitaire est affaibli. Celles-ci sont en effet moins aptes à lutter contre des microbes qui bien qu’atténués se multiplient encore. 

C’est le principe du vaccin combiné contre les trois infections rougeole, oreillons et rubéole (ROR). 

Société mettant au point un vaccin de ce type contre la Covid-19 : Codagenix, associée au Serum Institute of India.

Vaccin inactivé

Cette fois, l’agent infectieux est incapable d’engendrer des symptômes et de se multiplier. Bien toléré chez des personnes immunodéprimées, cette vaccination mime moins bien l’infection. L’immunité est moins performante. Voilà pourquoi plusieurs injections – ou rappels – sont nécessaires. L’ajout d’un adjuvant dans la composition vaccinale permet de compenser la moindre activation de nos défenses.

C’est le principe du vaccin contre la poliomyélite. 

Sociétés mettant au point un vaccin de ce type contre la Covid-19 : Sinovac Biotech d’une part et Beijing Biological Products Institute d’autre part. 

Vaccin sous-unitaire

Il s’agit d’injecter uniquement l’antigène cible. On inocule donc la protéine S ou une partie de cette protéine, synthétisée en laboratoire. C’est la technique la plus utilisée dans les différents essais de vaccin contre la Covid-19. Elle est réputée d’autant plus sûre qu’elle ne comporte pas le virus entier. Mais elle nécessite l’ajout d’adjuvants dans le vaccin pour que le système immunitaire réagisse.

C’est le principe des vaccins contre la coqueluche, la méningite à méningocoque et l’hépatite B.

Sociétés mettant au point un vaccin de ce type contre la Covid-19 : Novavax d’une part et Sanofi Pasteur associé à GlaxoSmithKline (GSK) d’autre part.

Vaccin à vecteur

Au lieu d’introduire directement la protéine S, cette méthode consiste à modifier un virus inoffensif pour l’homme de façon que sa surface comporte des protéines S. Ce virus joue le rôle d’un transporteur, on parle de vecteur viral. En transportant la protéine S dans l’organisme, il déclenche contre elle une réponse immunitaire. 

C’est le principe du vaccin contre Ebola.

Sociétés mettant au point un vaccin de ce type contre la Covid-19 : AstraZeneca d’une part et CanSino Biologics associé à Beijing Institute of Biotechnology d’autre part.

Vaccin à ARN

Le principe est ici de faire produire des protéines S par nos propres cellules. Pour ce faire, le vaccin contient une molécule appelée ARN messager (ARNm), enfermée dans une petite vésicule constituée de lipides. Après injection, celle-ci fusionne avec la membrane des cellules et y libère l’ARNm. Une machinerie présente naturellement dans les cellules suit alors les instructions contenues dans l’ARNm et produit des protéines S, mais de manière transitoire, car l’ARNm est une molécule qui se dégrade rapidement. Outre la rapidité et une certaine simplicité de fabrication, ce type de vaccin ne nécessite pas l’ajout d’adjuvant car la molécule d’ARNm joue elle-même ce rôle permettant la mise en place d’une réponse immunitaire forte et spécifique.

Aucun vaccin de ce genre n’était utilisé auparavant. 

Sociétés mettant au point un vaccin de ce type contre la Covid-19 : Pfizer et BioNTech d’une part et Moderna d’autre part.

Variants anglais, sud-africain, brésilien, japonais, américain… si une nomenclature scientifique est préférable, la multiplication récente de ces appellations suggère une diversité croissante au sein de la population des virus SARS-CoV-2 en circulation. La souche virale qui a frappé l’Europe début 2020 était elle-même un variant de la souche majoritaire qui circulait alors en Chine. Une telle hétérogénéité n’est en réalité pas inattendue, et les virus à ARN sont même réputés pour cela.

Un virus se multiplie au sein d’un hôte. Au cours de la phase aiguë d’une maladie, ce sont ainsi des milliards de virus qui sont produits, et tous ne sont pas identiques. En effet, la réplication, c’est-à-dire la copie du génome viral en de multiples exemplaires, est un processus relativement imprécis chez les virus à ARN. L’enzyme virale qui effectue ces copies y inclut aléatoirement des erreurs. Ces modifications de l’information génétique sont appelées des mutations. Même si les coronavirus ont un système de relecture pour limiter les erreurs de copie, le phénomène reste fréquent. Néanmoins, la plupart de ces virus mutants sont amenés à disparaître parce que les erreurs qui surviennent leur sont fatales. D’autres possèdent des mutations dites neutres, car elles ne changent en rien leurs caractéristiques. Certaines d’entre elles pourront d’ailleurs s’éteindre dans les générations suivantes ou persister au hasard des événements. Enfin, quelques mutations s’imposent parce qu’elles apportent un avantage aux virus qui les portent.

À un instant donné, plusieurs souches virales peuvent donc coexister au sein d’un même hôte. L’une d’entre elles est souvent majoritaire ou peut le devenir par hasard ou par gain, par exemple si elle a la capacité de se répliquer plus efficacement que les autres. Mais cet avantage du mutant au sein d’un hôte avec ses défenses immunitaires, ses traitements médicaux spécifiques, n’en est pas nécessairement un dans l’ensemble de la population. Pour devenir dominant, le mutant devra bénéficier soit d’un avantage au sein de la population, soit d’un hasard qui rendra sa dissémination favorable. Ce peut être le cas lors d’un grand rassemblement dans un lieu peu aéré. On estime que ce phénomène de sélection a abouti à la fixation d’une ou deux mutations par mois chez le SARS-CoV-2 depuis le début de l’épidémie.

Les variants de l’automne 2020 seraient apparus progressivement à l’abri des radars de nos séquenceurs. Ils interpellent car chacun possède un nombre élevé de mutations et que celles-ci sont similaires. Elles ont émergé en différents endroits du globe, indépendamment, prenant un avantage dans leurs environnements respectifs. On parle de convergence. Et ce sont souvent les conséquences visibles de ces mutations à l’échelle de la population qui font prendre conscience de l’apparition d’un variant : un résultat PCR nouveau, une propagation accrue, des cas de réinfection, une nouvelle population cible, une résistance inédite au vaccin ou aux traitements existants ou encore des symptômes différents, par exemple un virus qui gagne ou perd en agressivité. 

Chez les virus à ARN comme le SARS-CoV-2 mais aussi la grippe ou l’hépatite C, l’apparition de variants est un phénomène relativement fréquent. Ce phénomène discret nous est révélé quand le mutant en question modifie un paramètre fondamental de la maladie ou de l’épidémie. C’est ce qui frappe le monde en divers endroits depuis l’automne 2020.

Le comportement et la structure du SARS-CoV-2 dépendent des 20 protéines qui le constituent. Ces protéines sont produites par nos cellules infectées lors du cycle du virus, à partir des informations génétiques contenues dans l’ARN de ce dernier. Pour identifier l’existence d’un variant, il faut donc examiner cet ARN, et plus précisément l’ordre de succession des 30 000 bases qui le composent. Cette analyse s’appelle un séquençage. Beaucoup de variations d’ARN n’entraînent pas de modification notable dans le fonctionnement du virus. D’autres, au contraire, provoquent des changements d’ordre clinique et épidémiologique, par exemple une contagiosité différente, une virulence inédite ou des symptômes particuliers. Un mutant accède au rang de variant s’il présente des changements remarquables d’une ou plusieurs de ces caractéristiques d’intérêt.

Les mutations favorables au virus sont de deux ordres. Celles influençant sa capacité à infecter les cellules humaines et celles lui permettant de contourner le système immunitaire. Le spicule est partie prenante dans ces deux volets. Il intervient dans l’attachement du virus (voir question H). Il est la cible de nombreux anticorps. Sans surprise, les mutations améliorant la compétitivité du virus touchent cette grande protéine.

En avril 2020, une première mutation a émergé : D614G. Elle est rapidement devenue dominante et est toujours présente. Sans surprise, elle touche la protéine de pointe. Sa présence facilite l’arrimage du virus à une cellule. Plus précisément, D614G est caractérisée par le remplacement du 614ème acide aminé de cette protéine qui en compte 1273 : l’acide aspartique (D) laisse la place à une glycine (G).

D’autres mutations se sont ajoutées. La mutation N501Y correspond au remplacement d’un acide aminé tyrosine (Y) à la place d’une asparagine (N) en position 501. Celle-ci aussi favorise l’arrimage aux cellules. Puis la mutation E484K, où un acide glutamique (E) laisse sa place à une lysine (K). Elle est localisée dans une région en forme de crête à la surface du spicule, une zone reconnue par certains anticorps neutralisants en lutte contre le virus (voir figure).

Alpha, Béta, Delta, Omicron bénéficient de ces trois mutations… et d’autres. Car chaque variant possède une combinaison particulière de mutations dont certaines sont communes et d’autres originales.

En janvier 2022, le variant Omicron a pris le pas sur le variant Delta en Europe. Il porte un spicule profondément modifié par rapport au spicule du SARS-CoV-2 de référence, celui isolé à Wuhan (Chine) en 2019. Trente-deux mutations expliquent les modifications de certains acides aminés dans cette protéine de pointe. À comparer avec celle du variant précédent, le variant Delta, qui en comptait quinze. Le résultat est une amélioration de la capacité à se propager. Delta était deux fois plus transmissible que la souche originelle. Omicron l’est trois fois plus. Quant à ses sous-variants, leur contagiosité est encore plus forte.

En mai 2022, BA.2 est le sous-variant dominant en France : c’est donc lui qui a la capacité de se transmettre la plus élevée.

Mais, au début de l’été 2022, deux autres se sont imposés : BA.4 et BA.5. Ils possèdent une mutation leur permettant d’échapper aux anticorps générés par une précédente infection. Grâce à elle, ces variétés de SARS-CoV-2 réinfectent plus facilement les personnes guéries.

Toutes les mutations ne modifient pas les caractéristiques d’un virus. Et le SARS-CoV-2 ne peut pas se transformer indéfiniment. Il arrivera un moment où il épuisera son potentiel évolutif, c’est-à-dire que les mutations n’auront plus de grands effets sur ces caractéristiques. Reste à savoir quand !

L’idée date de 1990. Trente ans – et une pandémie – plus tard, des vaccins à ARN sont produits en quantité contre la Covid-19. Des usines tournent à plein et toute une chaîne de fournisseurs hyperspécialisés est mobilisée.  
La fabrication industrielle du vaccin à ARN s’échelonne en quatre étapes. La première est la multiplication de brins… d’ADN ! Car pour obtenir l’ARN, l’industrie reproduit le procédé naturel de fabrication de cette molécule. Et les cellules synthétisent l’ARN en suivant les instructions des molécules d’ADN.

Le premier pas est donc l’obtention de molécules d’ADN en grande quantité. Chaque brin d’ADN modèle est introduit dans des bactéries Escherichia coli. Placées dans un fermenteur, les bactéries se multiplient pendant quatre jours. Puis elles sont détruites et des milliards de brins d’ADN modèles sont récupérés. 

L’étape suivante est la transcription de l’ADN en ARN, c’est-à-dire la copie de l’ADN en ARN. Ce processus biologique, qui se déroule dans une cuve métallique de quelques dizaines de litres, prend deux heures. Chaque molécule d’ADN est transcrite des dizaines de fois et peut engendrer jusqu’à 500 brins d’ARN. Puis les molécules d’ADN sont dégradées. Et finalement, les molécules d’ARN désirées sont séparées notamment grâce à leurs particularités électriques : elles ont une charge négative. 

L’ARN doit être ensuite enveloppé dans une capsule de lipides. C’est le moment le plus délicat, mais il est indispensable puisqu’il limite la dégradation de la molécule d’ARN et lui permet de passer à travers la membrane des cellules humaines quand le vaccin est injecté (voir question U). Quatre lipides différents entrent dans la composition des capsules. Deux leur confèrent une composition analogue à celle d’une membrane cellulaire. Le troisième est un lipide chargé positivement. Le quatrième stabilise l’ensemble. Quand les graisses sont projetées sous forme de microgouttelettes en direction de microquantités d’ARN, elles s’assemblent à celles-ci en une nanoseconde grâce à l’attraction entre les charges électriques opposées. On obtient ainsi des nanocapsules d’ARN entourées de lipides (voir figure).

La dernière étape est le remplissage des flacons. Les nanocapsules sont diluées dans un milieu liquide, dont la composition garantit un pH neutre et stable, auquel on ajoute du saccharose. Le saccharose évite la formation de cristaux de glace. Car une fois remplis, les flacons sont rapidement congelés.

Un flacon de vaccin nécessite deux mois de fabrication. Les tests de qualité occupent une grande partie de ce temps. Il contient presque 300 composants différents. Certains sont courants, comme le saccharose. Mais la plupart sont la spécialité d’une poignée de sociétés dans le monde. Avant la pandémie, ils étaient produits en quantité confidentielle. Le lipide chargé positivement est l’un d’entre eux. Sa synthèse, uniquement maitrisée par quatre sociétés, demande plusieurs semaines. 
À ce jour, des dizaines d’entreprises sont impliquées dans la fabrication des vaccins à ARN. Cette production, complexe à mettre en place mobilise des industries aux USA, au Canada, en Suisse, en Allemagne, en Belgique, en France, en Chine. Des milliards de doses sont, en effet, attendues.

La difficulté à se remettre de la Covid est qualifiée de Covid long. Elle touche tous les continents, toutes les populations et concerne tous les âges.

Quatre semaines après l’apparition des symptômes, le virus ne se réplique plus dans les poumons. Des traces peuvent être trouvées dans les vingt jours suivants. Puis, dans la très grande majorité des cas, plus rien. Et pourtant, au moins 10 % des personnes ayant déclaré la maladie subissent un contrecoup qui se prolonge au-delà de trois mois. Elles souffrent de plusieurs symptômes, également notés après une infection avec deux autres coronavirus : le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV (syndrome respiratoire du Moyen-Orient), apparus respectivement en 2003 et 2012. Les plus courants sont une respiration difficile, des troubles du sommeil, mais aussi des douleurs thoraciques, des palpitations cardiaques, et la perte du goût et de l’odorat. Dans ces conditions, on comprend que la faiblesse extrême et la dépression soient générales chez ces patients.

L’infection par le SARS-CoV-2 – et non la vaccination – est bien à l’origine de cette difficile convalescence. Ce virus est capable d’affecter et d’affaiblir beaucoup d’organes différents : les poumons comme le cœur, les reins, les vaisseaux sanguins et le cerveau. Cette attaque tous azimuts est sans doute une des causes de la variété des symptômes observés.

Le plus répandu est une diminution de l’efficacité pulmonaire. La paroi des alvéoles pulmonaires, devenue fibreuse, freine la diffusion de l’oxygène dans le sang. La moitié des malades souffrant d’un Covid long éprouve des difficultés à respirer. Au point que 6 % d’entre eux ont besoin d’oxygène supplémentaire. Quant à la survenue de thromboses et de palpitations cardiaques, on privilégie pour les expliquer la persistance d’une inflammation résiduelle dans le cœur et la paroi des vaisseaux sanguins. Dans le cerveau, l’inflammation des micro-vaisseaux va jusqu’à toucher les cellules chargées de nourrir les neurones. La déficience de ces cellules provoquerait fatigue et confusion mentale.

D’autres causes sont suspectées. La première d’entre elles est la persistance du virus, liée à sa très large dissémination dans le corps. On sait aussi qu’il perturbe le fonctionnement des mitochondries, ces éléments présents dans les cellules et qui leur fournissent l’énergie. La maladie a-t-elle mis au jour des problèmes auparavant méconnus ? A-t-elle réveillé le virus de la mononucléose, souvent impliqué dans un syndrome de fatigue chronique ? Existe-t-il des facteurs prédisposant au Covid long tels que l’anxiété et la dépression ?

Aujourd’hui, pour des millions de personnes dans le monde, la Covid-19 ne se termine pas après l’élimination du virus. Et, si avoir souffert d’une Covid aiguë prédispose à une sortie difficile de la maladie, avoir ressenti une Covid bénigne, voire asymptomatique, ne garantit pas d’échapper au Covid long. Heureusement, la plupart des symptômes s’estompent au fil du temps. Mais cinq mois après avoir contracté le virus, à peine la moitié des patients dit avoir récupéré.