Coronavirus : ce que sait la science !

Variants anglais, sud-africain, brésilien, japonais, américain… si une nomenclature scientifique est préférable, la multiplication récente de ces appellations suggère une diversité croissante au sein de la population des virus SARS-CoV-2 en circulation. La souche virale qui a frappé l’Europe début 2020 était elle-même un variant de la souche majoritaire qui circulait alors en Chine. Une telle hétérogénéité n’est en réalité pas inattendue, et les virus à ARN sont même réputés pour cela.

Un virus se multiplie au sein d’un hôte. Au cours de la phase aiguë d’une maladie, ce sont ainsi des milliards de virus qui sont produits, et tous ne sont pas identiques. En effet, la réplication, c’est-à-dire la copie du génome viral en de multiples exemplaires, est un processus relativement imprécis chez les virus à ARN. L’enzyme virale qui effectue ces copies y inclut aléatoirement des erreurs. Ces modifications de l’information génétique sont appelées des mutations. Même si les coronavirus ont un système de relecture pour limiter les erreurs de copie, le phénomène reste fréquent. Néanmoins, la plupart de ces virus mutants sont amenés à disparaître parce que les erreurs qui surviennent leur sont fatales. D’autres possèdent des mutations dites neutres, car elles ne changent en rien leurs caractéristiques. Certaines d’entre elles pourront d’ailleurs s’éteindre dans les générations suivantes ou persister au hasard des événements. Enfin, quelques mutations s’imposent parce qu’elles apportent un avantage aux virus qui les portent.

À un instant donné, plusieurs souches virales peuvent donc coexister au sein d’un même hôte. L’une d’entre elles est souvent majoritaire ou peut le devenir par hasard ou par gain, par exemple si elle a la capacité de se répliquer plus efficacement que les autres. Mais cet avantage du mutant au sein d’un hôte avec ses défenses immunitaires, ses traitements médicaux spécifiques, n’en est pas nécessairement un dans l’ensemble de la population. Pour devenir dominant, le mutant devra bénéficier soit d’un avantage au sein de la population, soit d’un hasard qui rendra sa dissémination favorable. Ce peut être le cas lors d’un grand rassemblement dans un lieu peu aéré. On estime que ce phénomène de sélection a abouti à la fixation d’une ou deux mutations par mois chez le SARS-CoV-2 depuis le début de l’épidémie.

Les variants de l’automne 2020 seraient apparus progressivement à l’abri des radars de nos séquenceurs. Ils interpellent car chacun possède un nombre élevé de mutations et que celles-ci sont similaires. Elles ont émergé en différents endroits du globe, indépendamment, prenant un avantage dans leurs environnements respectifs. On parle de convergence. Et ce sont souvent les conséquences visibles de ces mutations à l’échelle de la population qui font prendre conscience de l’apparition d’un variant : un résultat PCR nouveau, une propagation accrue, des cas de réinfection, une nouvelle population cible, une résistance inédite au vaccin ou aux traitements existants ou encore des symptômes différents, par exemple un virus qui gagne ou perd en agressivité.