Que sait-on du virus SARS-CoV-2 ?
Le SARS-CoV-2 appartient à la famille des coronavirus (CoV), dénomination liée à la « couronne » que forment certaines protéines à la surface de ces virus. Il a été identifié pour la première fois à Wuhan en Chine, en décembre 2019.
Plusieurs coronavirus sont déjà connus pour être capables d’infecter les humains : trois coronavirus saisonniers responsables de symptômes hivernaux sans gravité (rhumes), le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le MERS-CoV responsable d’une atteinte respiratoire potentiellement sévère (Middle East Respiratory Syndrome). Le SARS-CoV-2 est le septième coronavirus pathogène pour l'Homme. Il est responsable de la maladie Covid-19 (COronaVIrus Disease 2019).  […] SARS-CoV-2 est un virus à ARN enveloppé, dont le génome (30 kilobases) code pour 15 gènes dont 4 correspondant à des protéines de structure : une protéine de surface (protéine Spike ou S), une protéine de membrane (M), une protéine d'enveloppe (E) et une protéine de nucléocapside (N).
Ce génome présente 79% d’homologie avec le SARS-CoV et 52% d’homologie avec le MERS-CoV. Le coronavirus dont il est le plus proche phylogénétiquement est RaTG13-CoV, un coronavirus qui infecte les chauves-souris (96% d’homologie).
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Quelle est son origine ?
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Le SARS-CoV‑2 est génétiquement plus proche des virus qui infectent les chauves-souris que du MERS-CoV ou du SARS-CoV. Mais jusqu’à présent, aucune transmission virale directe n’a été décrite entre les chauves-souris et l’humain. C’est pourquoi l’hypothèse la plus probable est que la transmission du virus à l’Homme soit passée par un hôte intermédiaire. Au début de la pandémie, le pangolin a été suspecté, mais le coronavirus dont il est porteur présente des différences significatives au niveau de certaines séquences génétiques clés pour le virus. Les scientifiques n’ont pas encore réussi à identifier une espèce intermédiaire probable. Selon une deuxième hypothèse, le virus aurait circulé plusieurs années chez l’Homme, à bas bruit, jusqu’à ce qu’une mutation récente le rende plus virulent et pathogène. Troisième possibilité : l’échappement du virus depuis un laboratoire de recherche chinois. Cette hypothèse a fait l’objet de différentes enquêtes et, malgré les doutes, aucune preuve solide d’une fuite accidentelle ou intentionnelle n’a pu être avancée.
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Les différents groupes de chercheurs confirment l’idée que la pandémie a bien pris naissance au sein du marché, dès les mois de novembre-décembre 2019. Deux lignées du variant initial du SARS-CoV‑2 y ont rapidement coexisté, pour se propager ensuite hors du marché. [...]

 

Comment ce virus se transmet-il ?
Le SARS-CoV‑2 se transmet par les minuscules gouttelettes respiratoires qu’une personne infectée expulse par la bouche ou par le nez lorsqu’elle respire, tousse, éternue, parle ou chante. Ces particules peuvent entrer en contact avec les muqueuses d’une personne non infectée située à une distance de moins d’un mètre, et la contaminer. Les plus petites de ces particules peuvent rester en suspension dans l’air, en particulier dans un espace clos mal ventilé ou bondé. Elles constituent alors une seconde source de contamination, importante.

Enfin, les plus lourdes des gouttelettes peuvent se déposer par gravité sur les surfaces à proximité immédiate. Le virus peut persister plusieurs heures sur une surface inerte contaminée. La durée de sa persistance varie selon la nature de la surface, les conditions de température, d’humidité et de luminosité environnantes. Aussi, le contact direct avec une surface contaminée peut être un vecteur d’infection même si, en pratique, le rôle de ce mode de contamination reste limité dans la dynamique pandémique, en dehors des milieux hospitaliers. 

Le virus est rarement présent dans le sang, le sperme, les sécrétions vaginales, les urines ou les selles. En réalité, la présence du virus dans ces sécrétions concernerait essentiellement des personnes qui ont développé une forme grave de la maladie. Quoi qu’il en soit, aucun cas de transmission par ces différentes voies n’a été rapporté. Le virus n’est pas retrouvé dans le lait maternel d’une mère infectée.
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Quels sont les symptômes de la maladie ?
La façon dont se manifeste la Covid-19 est très hétérogène et une part non négligeable des personnes qui sont infectées ne développent pas de symptômes. Il est difficile d’évaluer exactement cette proportion, puisque, par définition, aucun signe clinique ne permet de les identifier. Néanmoins, la littérature internationale suggère qu’ils représentent entre 15 et 30% des patients infectés.

Lorsqu’elle engendre des symptômes, la Covid-19 provoque d’abord des signes classiques d’infection respiratoire : fièvre et toux. L’infection peut aussi conduire à une atteinte pulmonaire virale et engendrer une gêne respiratoire (dyspnée). D’autres symptômes peuvent accompagner ou remplacer ces symptômes, de façon moins systématique : douleurs musculaire (myalgies)maux de tête (céphalées)maux de gorgecongestion nasalenauséesvomissementsdiarrhée… La survenue brutale d’une perte de goût (agueusie) ou d’odorat (anosmieen l’absence de rhinite est aussi l’un des signes les plus discriminants pour suspecter une Covid-19. Sur le plan dermatologique, certaines personnes développent un érythème (rougeur) ou une éruption, et plus rarement des engelures notamment au niveau des orteils. Des études, confortés par les données de la littérature, suggèrent que ces dernières pourraient découler du phénomène d’hyperinflammation observé dans la Covid-19.


En pratique, la nature et la sévérité des différents symptômes varient en fonction des individus, et en fonction de leur âge. Ainsi, les enfants ont souvent moins de manifestations que les adultes. Les personnes âgées, quant à elles, peuvent brutalement présenter des signes atypiques de la maladie, comme des malaises, des chutes à répétition ou un état confusionnel. Dès lors, une Covid-19 peut être suspectée lorsque aucune autre cause à ces symptômes n’est identifiable.

 

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Comment les malades sont-ils soignés à ce jour ?


Bien qu’il n’y ait pas de traitement recommandé chez les patients atteints de formes bénignes ou modérées de Covid-19, il existe désormais plusieurs options thérapeutiques pour les patients infectés qui ont développé une forme sévère de la maladie ou qui sont susceptibles d’en développer une. Depuis le début de l’épidémie, l’évolution des protocoles de prise en charge des complications a permis d’améliorer le pronostic de la maladie et de réduire la durée d’hospitalisation et la fréquence des décès qui lui sont associés.
En cas de symptômes associés à un test positif, il est conseillé de consulter un médecin. Il prescrira un traitement adapté aux manifestations de la maladie et informera sur les signes d’aggravation qui doivent amener à consulter de nouveau en urgence.
Pour les patients à risque de forme grave et en l’absence d’interaction avec des médicaments qu’ils reçoivent déjà, un traitement antiviral, le Paxlovid, est recommandé. Il réduit le risque d’hospitalisation. En présence de contre-indication à ce traitement, des anticorps monoclonaux ciblant la protéine virale Spike (tixagevimab / cilgavimab) peuvent être prescrits lors de la phase précoce de l’infection.

Certaines complications nécessitent un suivi plus étroit, un traitement spécifique, voire une hospitalisation : fréquence respiratoire accrue, hypotension artérielle, confusion, déshydratation, altération brutale de l’état général... À l’hôpital, une oxygénothérapie adaptée aux besoins et une prévention des thromboses veineuses par administration d’un anticoagulant sont mises en place, en complément des traitements symptomatiques. Par ailleurs un traitement par corticoïdes est systématiquement mis en route pour limiter le risque de mortalité associé à la Covid-19. Chez les patients qui présentent des marqueurs inflammatoires élevés et des formes très sévères de la maladie, des traitements anti-inflammatoire ciblés (anti-IL6 type tocilizumab, sarilumab…) peuvent être prescrits en addition aux corticoïdes.

En cas d’aggravation, les soins apportés pallient les défaillances présentées par le patient, qu’elles soient respiratoires (intubation, respirateur…), cardiovasculaires (médicaments anti-arythmiques, anticoagulants…) ou encore rénales (dialyse…).

https://www.inserm.fr/information-en-sante/dossiers-information/coronavirus-sars-cov-et-mers-cov

Mise à jour le 16/06/22.